Sulmuesi i njohur pejan, Fatos Beqiraj ka përfunduar karrierën e tij si futbollist aktiv. Klubi i fundit në karrierën e Beqirajt ishte Mornar në elitën e futbollit malazez, ku ishte bashkua nga Decicit, ku kaloi në vitin 2022.

Në sezonin fundit, ai shënoi tetë gola dhe asistoi dy në 37 paraqitje, ndërsa sot është prezantuar si drejtor sportiv i Decicit.

Beqiraj e nisi karrierën në Kosovë, ku luajti për Shqiponjën dhe Besën.

Ai bëri karrierë nëpër shumë klube nëpër botë si: Mali i Zi (Buducnost). Kroaci (Dinamo Zagreb) Kinë (Yatai), Bjellorusi (Dinamo Minsk), Rusi (Dinamo Moskë), Belgjikë (Mechelen), Izraeli (Macabi Netanya, Bnei Yehuda), Polonia (Wisla), Kazakistani (Astana).

Për kombëtaren e Malit të Zi bëri 86 paraqitje dhe shënoi 15 gola.